Illustrator オブジェクトの一部が印刷されない

「表示」メ  ニュー→オーバープリントプレビューを選択した状態と見比べるとどうでしょうか？

もし「オーバープリントプレビュー」と同じ状態になっているようでしたら、

オブジェクトを選択して「属性」パレットの「線・塗りにオーバープリント」のチェックを外してください。

また「レイヤー」パネルでレイヤーを選択してダブルクリックすると表示される「レイヤーオプション」の「プリント」にチェックは入っていますか？