Illustrator cc2017　パッケージでの不具合

下記と同じような気がするのですが、どうでしょうか？

リンク画像ファイルが、似た名称のファイルに勝手に差し変わることはありえますか？

おそらく、同じファイル名で異なるファイルを配置されているのだと思います。

パッケージは、「Links」というフォルダに画像をすべて収集します。

そのため、パッケージした際に「_1.拡張子」というファイル名に置き換えられていると考えられます。

その際、何らかの理由でリンク先が異なってしまい、異なるファイルがパッケージされているのではないでしょうか。

パッケージしたドキュメントを開くと、リンク画像が差し替わっているのが確認できるかと思います。

回避方法としては、パッケージ前に同じファイル名の配置画像（リンク画像）をリネームして異なるファイル名にすることです。

もとのファイル名を変えただけではリンクが切れてしまいますので、必ず再配置を行ってください。

一番はじめに考えられるのはこの辺りのトラブルです。まずはこちらをお試しください。