Illustrator CS6にて作成したテンプレートが見当たりません。

使用については再インストールして問題が無ければそのままで大丈夫ですが、

継続して問題が出るようであれば下記のトラブルシューティングを実施し、

一度Adobe製品は「全て」削除されるほうが良いです。

以前のバージョンを含むすべての Adobe アプリケーションを削除し Creative Cloud アプリケーションを再インストールする（Windows 7）

また「システムの復元」は基本的にOSに対して行われるので、

Microsoft以外の製品は必ず元に戻るとは思われない方が良いです。

(Macのタイムマシーンもしかりですが、、、ｗ)

補足：

テンプレートは各Verに付属しているモノになるので共通したフォルダに保存されていない事が多いです、

気になるのは「CS6にて作成したテンプレートを使用」とのことですが、

ご自身で作成なさったテンプレートがどこに保存されているかはご自身でしかわからないので、

今後作成される場合はProgram Files内はやめておいた方がいいです、、、

ここには各ソフトの大本が入っているので何か変更をかけてしまう危険性や頻繁に開くと誤って重要なファイルを移動や削除してしまう危険性もあるためです。