Illustrator CS6を使用して複数の画像が配置されているデータを作成しました。 そのデータをPDF/X-1aで保存したのですが、画像が1点抜けておりました。 このような事が起こるのでしょうか？また、対処法は有りますか？ 同じデータをもう一度PDF/X-1aで保存し直したら画像は抜けていませんでした。

OS環境等が不明ですが、再度の処理で再現しなかったということは、おそらく書き出し時に、

一時的にメモリ状態などが不安定になっていた可能性がありそうです。

類似の状況はIllustratorおよびAdobe製品に限らず、どうしても避けることはできません。

PC自体の動作が万事安定しているとは限りませんので（他の常駐ソフトの兼ね合いなどもあることから）、

書き出し後には必ずチェックをされるしかないと思います。