M4 Macminiでillustrator2024(Intel)か、illustrator2026か質問したい

新しく購入したということだと、OSもmacOS 26だと思います。

2024バージョンはどちらのバイナリであっても、macOS 26としては動作保証外なので、そのトラブル可能性まで考慮した場合、業務対応として大丈夫かどうか、というのはあります。

何か問題があった場合に保証外環境での組み合わせ利用は、それが要因でなくても、原因説明要求された時の釈明的に厳しくなる、というのが理由です。

あとはajabonさんが仰るように、移行アシスタントでの移行そのものもトラブルの要因になりえる（これは他のソフト込みで互換性的な問題が出るため。OSの特性ともいえます）ので、その点をどう踏まえるかも出てきます。

移行アシスタントを利用したんでしょうか。基本的にアプリに関してはやらないほうがいいです。

具合がわるくなることが少なくありません。

とくに今回のようにIntel Mac から Apple Silicon への環境変更時はだいぶあぶないです。

とはいえ2024は去年のうちにグループ版以上のライセンスでパッケージインストーラーを確保していないともうインストールできないんですよね。これはこまった。

あくまで個人の見解ですが、現環境で動作がおかしくなる可能性はありますが、自分の環境でだけ正しく開けて他の環境で開くとどこかおかしくなる、といったデータができてしまう可能性はあまりないかと思います。
とりあえず入稿時に出力見本を必ず添付して事情を申し送りしておけばよいかと。

にしても印刷会社というと、大概は入稿データのバージョンに全力で対応してくれる印象がありますが（弊社もそのスタンスです）、

印刷会社からのバージョン指定があるのでしょうか？