Mac Illustrator 色指定が勝手に変わってしまう

初回の質問でOSバージョンやIllustratorのバージョンは記載していますが、Illustratorのドキュメントととしてのカラーモードや新規作成時のドキュメントプロファイル設定について書いていませんし、なぜそのカラー設定にしているかの理由も不明です。

Y100を指定した後のカラーが変更されているとなるとRGBモードである可能性が高いとは思いますが、そうなるとCMYKで指定している理由が不明瞭、ということになります。

katayanagi51さんも記載していますが、本コミュニティは利用者同士が解決を図る場ですから、必要な情報は余すところなく記載することが必要です。

また、カラー設定、出力設定については、迂闊に触ることで、逆にトラブルを生むこともあります。

まずはプレーンな状態での処理を行われたほうがいいでしょう。

RGBベースのプロファイルでも、誤った設定をすると色が変化することはあります。

またAcrobatをお持ちであれば、PDFとして保存したうえで、そちらでプリントもしてみてください。

製品版Acrobatを契約されているプランでない場合は、Readerでも確認してみてください。

（Acrobat Proのほうが出力プレビューで配置されたオブジェクトのカラー数値を拾えるというメリットはあります）