pdfからIllustratorへ変換すると

基本的にはお二方の仰る通りではあるのですが、なぜInDesign自体を遣わずに行おうとしているのかも

明確にされたほうがいいとは思います。

ただフォントの変更、Acrobatなどでもできなくはありませんが、フォントによって文字幅の変更に

よる体裁崩れがありうることを考えると、確実なのはオリジナルデータ＋オリジナルアプリケーションでの修正です。

同時に、イレギュラーの処理はイレギュラーの結果しか生まないことは想定しておいたほうがいいと思います。

まぁ、Illustratorで開かないことですね。

InDesignからIllustrator、PDFからIllustratorというのは、もとより完全な再現が可能な変換方法ではありません。

可能であれば、リンクで配置して利用しましょう。

どうしてもそういった変換が必要なら、問題が起きることは承知の上で、手作業でチェックや修正を行うべきです。この為の情報はバッドノウハウというヤツで、誰もサポートしてくれないので、やる以上は自力で解決するしかありません。

IllustratorによるPDF解析はベストエフォート型（やれるだけやってみる）です。

用途は不明ですが不確実な方法であることを前提に作業された方が良いでしょう。

>>その後Illustratorで小塚ゴシックを毎日新聞明朝に指定しようとしてもフォント変更ができません。

こちらについては拡張子PDFのまま作業されていませんでしょうか。AIデータに保存し直してからなら可能かも知れません。