「PDFが変更されています。」と出て、編集しようとするとデータの変更が破棄されてしまう。

その警告が表示されるのは、以下の条件の時です。

1. Illustrator形式で保存されたファイル（.ai）である。

2. そのaiファイルをAcrobatで開き「PDFを編集」で編集加工して保存した。

3. そのaiファイルをIllustratorで開いた。→ここで警告表示

これ以外でその警告が表示されるのは考えにくいです。

うっかり気づかずにやってしまったのではないでしょうか。

追記1：

1のファイルが、実は「ファイル名の拡張子を.aiから.pdfに変更したもの」という可能性もありそうです。

追記2：

>Illustrator以外で当該pdfデータの編集は行っていない

これが本当だとすると、miod0508さんが編集するよりも前に、誰かが拡張子.aiを.pdfに変えてAcrobatで開いて編集保存していることになります（拡張子変更とAcrobat編集はそれぞれ別の人かもしれません）。Creative Cloudが悪さをしているというのはきわめて考えにくいです。人為的な介在があったと考えるのが筋でしょう。

追記3：

Illustrator形式がどういうものなのかを説明したことがあるので、よかったら参考にしてください。

Illustrator形式のファイル（.ai）についてちゃんと大雑把に説明してみる

IllustratorでのPDF保存で、Adobe PDF プリセットがデフォルトの「Illustrator 初期設定」で保存しているのでしょうか。
この形式のには「Illustratorの編集機能を保持」のチェックボックスがオンになっているので、Illustratorでの再編集ができるのですが、これはファイル内に出力用のPDFデータ部分と、編集用のaiデータ部分の2重構造になっています。
（Aiファイル保存時の「PDF互換ファイルを作成」チェックボックスがオンの場合も同じ様な2重構造ファイルになります。）
このPDFはAcrobatやビューワーでみたり他のアプリケーションに配置や印刷する場合はPDFデータ部分を使い、Illustratorで編集する場合 "のみ" aiデータ部分が使われます。

今回、データの巻き戻りが起こったとのことですが、おそらくPDFの編集を『Illustrator以外の編集ツール』で行ったためかと思われます。
そのため、再度イラストレーターで開こうとした時に、警告ダイアログ画面で「イラレデータとPDFデータが違うけどどーするの？」と聞いてきているわけで、先祖返り現象が起きているんじゃないですかね。

もし、Illustratorで編集しているにもかかわらず幅場合は、バグか、何かしらがおかしくなっていると思われます。

ちなみに「Illustrator 初期設定」で保存したPDFには（伝統的に）画像カラープロファイルを破棄する設定ですので注意が必要です。

PDFの部分だけが編集・更新されているとしか思えないのですが，当該ファイル以外の同種のPDFファイルでも同じことが起きますか？

（CreativeCloudFilesはTimeMachineが効くんでしたっけ？　「これが出た日時前」のファイルを確認したいところです）

PDFを編集するからではないでしょうか？

PDFは再編集されることを前提としたファイル形式ではありません。

特に印刷用のPDFの場合は再編集は避けるべきです（もうちょっと強く言いたいのですが上手い言葉を思いつきません）。

再編集するなら、ai形式で保存・編集し、PDFが必要な場合は都度PDFを複製保存（別名保存だとミスを起こしがちですからお勧めできません）するべきです。