PDFデータをイラレに配置したのですが?

バウンディングボックスというのはPDFに含まれるオブジェクト全てを含むバウンディングボックスのサイズになります。これはAcrobatを利用してもトリミング出来ませんので、これは正常な挙動です。画像の中にあるAcrobatでのトリミング処理においてもトリミングサイズを操作していますよね？
という事で配置の際にはトリミングサイズを選んで配置してください。
もし、トリミングを行う際に領域外に存在するデータを全て破棄したい場合は、トリミングしたあとにプリフライトのフィックスアップにある「完全にページ領域外にあるオブジェクトを削除」を適用します。