PDF変換時に

Illustratorで、メニュー［表示 > オーバープリントプレビュー］をONにしてみてください。Illustratorで正確にモニタ表示するには、ここをONにする必要があります。

そして「Illustratorのオーバープリントプレビュー」と「書き出したPDFをAcrobatで開いた表示」を比較してみてください。

現在の記載だけでは何とも判断ができません。

パーツ自体がベクターなのか配置したビットマップなのかがありますし、

どのようにPDF変換したのかも関わってきます。

いずれにしても、より具体的な情報が欠かせないところです。

下記のジャパンフォーラムの使い方なども参考にしてください。

Adobe Japan Forumsへようこそ！

なお Acrobat Reader (us) から Illustratorコミュニティフォーラム (Japan) に移動しました。