PDF書き出しで文字組みアキ量設定の残骸が復活する

再現しました。謎ですねぇ…。

ちなみにプリセットの［Illustrator初期設定］と［高品質設定］では デフォルトの設定値4つがあるだけです。

これらのプリセットは［Illustratorの編集機能を保持］がONになっています。これはIllustratorのネイティブデータをPDFに含んで書き出す設定です。そのPDFをIllustratorで開くと、PDFデータではなくIllustratorのネイティブデータが開かれる（aiファイルを開くのと同じ）ことになります。

Acrobat Distillerのどこかをいじればいいのでしょうか？

Distillerは無関係だと思います。

PDF/X-1aで書き出したものを再度Illustratorで開いた場合は、

もともとIllustrator側でプリセットで用意されている設定が読み込まれるだけです。

PDFファイルをIllustratorで強制的に開くことは確かにできますが、

あくまでも強制的に解釈しているだけであり、オリジナルの編集状態で開けるわけではありません。

（それができるのはPDF/X以外のプリセットで、編集情報を保持した場合に限ります）