Photoshopで加工したデータをIllustratorで色変更したい

ご返信ありがとうございます。確認が遅れてしまい申し訳ありません。

教えていただいた通りグレースケール化して塗り色をつけてみて、色を濃く調整できたのですが、

ベタ塗りのようなテイストになってしまいました。

Ten Aさんの仰るようにアートワークをPhotoshopへ持ち込んで挑戦してみたいと思います。

ありがとうございました。

Photoshopでグレースケールにし、psd形式（Photoshop形式）で保存してIllustratorで塗り色を付けてみてください。

スキャン画像の2値化ではノイズが多すぎて駄目でしょう。

このとき注意すべき点として、画像の一番濃いところが真っ黒になっているか、があります。上の画像で示したように、最も黒い所がIllustratorのベタ塗り部分と同じ色になり、それより薄いところは薄い色になります。

Photoshop上で、足形画像をグレースケールに変換し、トーンカーブやレベル補正で黒い所が黒くなるように補正してからpsd保存して作業してみてください。

Illustratorでは基本的にビットマップデータである画像の色調整は出来ません。微調整するには配置した画像を再度Photoshopで調整した上で配置画像を更新します。
このようなケースでは逆にIllustratorのアートワークをPhotoshopへ持ち込んで処理する方が効率的には良いでしょう。