png画像の透過でない白背景がアートボード上で勝手に透明になる

このへん（下記）のことを思い出して書き込んだだけなので詳しいことはわからないですけど，assauseさんが言及しているカラープロファイルが関係しているのか，何らかの要素を含んだPNGファイルの扱いが下手くそなのだと思います（個人の感想です）。

配置したカラーの画像の色が薄く抜けてしまう件 

pngだとRGBですし、一般的なJapanColor Coatedあたりでの処理だと通常だと4cに分かれてしまうと思いますので、どのようなICCプロファイルがドキュメントに適用されているかどうかではないかと思います。

分版プレビューでもCMYKドキュメントであれば、適用しているICCプロファイルを基準に処理するためです。

ただ、結局リスク考慮をすると、QRコードは作り直しがいいとは思います。

pngのほうも印刷であれば、Photoshopで適宜のCMYK処理とpsd保存しての配置のほうが無難ではないでしょうか。