SVG 圧縮（*.SVGZ）で保存したところ、幾つかのレイヤーが消滅、残ったレイヤーも属性が変わってしまった。

元々がSVG圧縮の書類を開いたのであれば、保存形式のデフォルトがSVG圧縮になりますね。他のケースは考えにくいかな。

ショックは大きいかもしれませんが、もう元に戻す方法はないので、気持ちを切り替えて、作り替えるなり、作り直すなりするのが良いかと思います。

その際、Illustratorの編集状態がすべて保存されるネイティブ形式（.ai）で別名保存してから作業されることをオススメします。