Apple写真とLightroomの平行使用

今までAppleのApertureを使用していて、「写真」に移るしかなかったのですが

CC加入とともにLRに移行をしています。が

なぜが、LRが二重に読み込んで２万５千枚近くある写真が

しばらくすると（バックアップなどで？）５万枚になってしまいます。

その結果、作業のしづらいこと、

二重に読み込んだものを削除などは出来ませんので

１度LRの読み込んだ写真を削除して

再度、「写真」から読み込みます（オリジナルフォルダから読み込み）。

しばらくは２万５千枚近くなのですがまた、５万枚以上になっています。（またも二重に読み込んでいる）

写真移行は、アドビのサイトで進めてやったのですが

完全に使い方、移行方法を間違っている気がします。

「写真」からLR移行の手順をわかりやすく教えて頂ければと思います。

（おそらくポイントなどがあるのでは、名前の付け方保存先、など）

私はiPhoneを使っているので、「写真」は写真移行にとてもいいです。

が、写真加工となるとLRです。

できれば、「写真」とLRを平行で使用したいです。

（写真の読み込みは「写真」、加工、出力はLR）

ご指南お願い申し上げます！