書き出したファイルが無音になる

Media Encoder 2021版（v. 15.x）でも、100%ではないものの症状が出る、という状況でしょうか。

いま手元の環境（Windows11, Media Encoder 22.6.1）にて、短めの２つのMP4ファイル（H.264 / AAC）をXDCAM 50 60iのMXFに書き出してみたのですが、音声は問題なく出力されるようです。

おそらく、AVCHD（H.264 / AC3 ot PCM）のスパンドクリップの結合をなさっている状況かな？、と思うのですが、あいにく現在普段の編集環境に居らず、手元にAVCHDの素材が用意できずにおりました。

差し支えございませんでしたら、

・お使いの素材の種類

・もしAVCHDだったと仮定しまして、1つのファイルに結合の際に、AVCHDのフォルダ構造をそのまま読み込まれていらっしゃるか、MTSファイルを個別に読み込まれていらっしゃるか

をお書き添えいただけますと、解決につながるヒントが得られるかもしれません。

また、可能性は低いかもしれないのですが、AC3のオーディオキャッシュの問題と仮定しまして、環境設定のメディアにて、メディアキャッシュデータをクリーンアップしていただくことで、変化があるかもしれません。