アプデしてからMP4形式で書き出す方法が分かりません。

movということはご使用はmacでしょうか？

解決策はCkunさんの内容になりますが、Prはアップデート等をすると時折書き出し形式が初期設定に戻ったりするので、書き出し時は常に確認するのが良いかと思います。

(ちなみに私はWinなので、書き出し時の設定はaviに変更されていました)

2022版（v22.0）にアップデートしてからということかと思いますが、YouTube用のプリセットはあるはずなので、今一度書き出しの形式を「H.264」にしてプリセットの中をお探しいただくといかがでしょうか。