エフェクト「タイムコード」の使い方がわかりません

いろいろお困りのようですが、バグや不具合といった類のものではなく理屈通りの挙動ですので、一つ一つの理由を分けて返信いたしますね。

まず、

>開始タイムコードを「0」に設定しているのにも関わらず、「1Hスタート」になるのも納得が行きませんし、

この件については、「調整レイヤー」にタイムコードエフェクトを適用していることが原因です。調整レイヤー自身のタイムコードをご確認いただくとお分かりいただけると思うのですが、デフォルトの状態で調整レイヤーをタイムラインに乗せると、調整レイヤーのイン点のTCが01;00;00;00になります。

開始タイムコードを0に設定しても、調整レイヤーの開始点が1時間ですので、1Hスタートのように見えます。

これは、調整レイヤーをマイナス方向の時間に伸ばすことができる点からもご理解いただけるかと思います。「調整レイヤー」の性格上、少し特殊な挙動をするのだと思います。

>なぜ「30NDF」や「60NDF」に単位を変えると開始タイムがこんなにバラバラになるのでしょうか？

これについては、厳密には「開始タイム」ではなく途中のタイムコード（上記で説明したとおりです）である点と、フレームの枚数表示と時間表示の関係でお考えいただくとわかりやすいのではないかと思います。

例えば、60ドロップフレーム(59.94fps)での01;00;00;00は、フレームの枚数では215784枚目です。ここでタイムコードの形式を30ドロップフレーム(29.97fps)にすると、215784枚目のフレームは02;00;00;00になります。これは単にフレームレートが半分になると時間が倍になるのでわかりやすいと思います。

60ドロップフレームから60ノンドロップフレームにタイムコード形式を変える場合、215784フレーム/60=3596秒24フレーム=59分56秒24フレームになります。

（計算式の書き方は適切ではありませんが、説明のためとご理解ください。）

>シーケンスタイム00：00：05：00を「00：00：00：00」NDFとしたいのですが、どこをどのように設定するのでしょうか？

シーケンスタイム00:00:05:00からのタイムコード表示を入れたい一連のクリップをネストして、ネストシーケンスにタイムコードエフェクトを適用すると可能だと思います。