エンコード中が９９％から進まない

99%から進まない（非常に進み方が遅くなる）ケースはいくつか考えられます。ひとつは、内部的に映像と音声のエンコードが完了し、最後にひとつのMP4ファイルを生成している段階で問題が起きているケースです。

問題の切り分けのため、もし書き出し先に外付けのメディアやNASなどを指定されてましたらパソコンのデスクトップなど内蔵ドライブへの書き出しを試みていただいたり、ウィルス対策ソフトを一時的に無効にしてお試しいただくといかがでしょうか。

また、書き出し先を内蔵ドライブにした状態で、Windowsでしたら「タスクマネージャー」を開いていただき、「パフォーマンス」タブにて書き出し中のCPU負荷と特にディスクの負荷をご確認いただくと、本当に固まっているのか何らかの処理を行っているのか、ある程度状況がつかめるかと思います。

こんにちは、Yuka5E3Cさん

全くの推定です。違っていたらごめんなさい。

①レンダラーが高速処理（例えば、「Mercury Playback Engine - GPU 高速処理（CUDA）」等）に設定してあったら、「Mercury Playback Engine - ソフトウェア処理」に設定変更してみます。

②または、「環境設定」の「メディア」の「ハードウェアによる・・・・（再起動が･･･」のチェックを外してみます（下図赤枠部）。