エンコード中が、１００パーセントになったままです。

エンコード終了間際に100%の状態がしばらく続くことは異常ではなく、おっしゃる通りエンコードした映像と音声を1つに合体（マルチプレクス）しているタイミングだと思います。タスクマネージャー（Macでしたらアクティビティモニタ）でディスクの負荷をご確認いただくと、そのタイミングで急上昇していると思います。

おそらく、この処理の時間にはストレージの速度が大きく影響すると思うのですが、とにかく「終わるまで待つ」ということになると思います。しかし不具合でフリーズしているのに気づかず待っていては時間の無駄なので、タスクマネージャーを立ち上げたままにしてディスクの様子を監視しておくと良いと思います。

（ストレージに十分な空き容量があることも必要です。また、ネットワーク共有先ですとうまくゆかないことがあったり、セキュリティソフトのリアルタイムスキャンが影響する可能性もあるかもしれません。）

何らかの不具合が生じて、処理が完了しているにもかかわらず100%の表示のまま固まっている可能性も考えられますが、やはり「キャンセル」を押下して作成されたMP4は信頼性に欠けると思います。もしかすると、少し尺が短くなっているといった可能性や、再生の最後の方でエラーが出る可能性もあるかもしれませんので、書き出しのし直しをした方が良いと思います。