カットする位置が勝手に決められてしまいます

原因などは分からず恐縮ですが、なかなか返信が付かないようなので返信してみます。

添付していただいた画像で「調整レイヤー」などに斜線が入っていることが気になります。何かしらの問題が発生しているのだと思います。

動画や音声のクリップで斜線が入るのは誤ったファイルへのリンクや特定の形式（AVCHD）での問題といったことがあるのですが、今回のようなケースは症状を再現させる方法も思いつきません……。

差し支えございませんでしたら、原因の切り分けのため、全く新しいプロジェクトファイルのシーケンスにて、適当なMP4ファイルを読み込んで適当な調整レイヤーをラフにのせていただきまして、斜線が出ていない（問題が起きていない）状態にてカットツール（レーザーツール）の動作をご確認いただくといかがでしょうか。

また、もし斜線が出るようになった経緯をご存じでしたら、そのあたりの操作をお書き添えいただけますと、同様の操作を他の方々も検証しやすくなるかと思います。