シーケンスに存在していてプレビューでは表示されるがMediaEncorderでレンダリングすると表示されない

厳密に内部の仕組みを理解しているというわけではございませんので、マニュアルやポップアップヘルプに書かれている以上のことはわからないです……。

しかしながら、Premiere ProからMedia Encoder経由で書き出しする際に問題がある場合、この設定をOFFにすると解決することがしばしばあるようです。

下記リンク先（MEdia Encoderマニュアルの環境設定のページ）から抜粋しますと、

『Premiere Pro のシーケンスをネイティブに読み込む　Premiere Pro がインストールされていないシステムに Premiere のシーケンスを読み込めるようにします。』

ということだそうです。ONにすると、Premiere ProがインストールされておらずMedia Encoderだけがインストールされている環境でも書き出しできるという意味なのではないかと思いますが（私は試していません）、これをOFFにするとDynamic Link経由で書き出されるそうです。

環境設定 

私自身はPremiere Proから直接書き出しをすることがほとんどなので、このチェックを外してMedia Encoderから書き出すことのデメリットなどについては、残念ながらわかりません。