文字が消える原因は、「ビデオ」の方で82%に縮小しているからだと思います。
>エフェクトコントロールパネルのグラフィックとビデオの項目って何が違うんですか
内部の処理方法が異なります。グラフィックの方は文字やグラフィックなどのサイズを変更し、ビデオの方は作成したクリップのラスターサイズを変更します。例えるならば、前者は紙に描くイラストの大きさを変える、後者はイラストを描いた紙を小さくするというイメージです。
>テキストのアンカーポイントを真ん中に
アンカーポイントは、エフェクトコントロールの「アンカーポイント」右側の丸っこい矢印ボタン(パラメーターをリセット)リセットできます。文字の方は水平方向中央と垂直方向中央のボタンを押下する、という操作で中央に来ると思いますので、ベクトルモーションでスケール・回転をするとテキストの中心が動きの中心になると思います。
※私は普段Premiere Proのテキスト機能をほとんど使っておらず実用面では知らないことも多いので、意味を取り違えていましたらご容赦ください。