トラックマットキー。マスクの範囲が変わってしまいます。

問題発生からだいぶ時間が経ってしまったようですが失礼します。
自分も「画像素材を長方形ツールで作ったグラフィックの形でマスク（切り抜き）したい」という時に同様と思われる症状があり、こちらのページにたどり着きました。
公式のヘルプセンターに確認したところ、自分の問題もこちらの事例と同じ問題であり、「以前からの問題となっており、今の所解決する方法は無い状況」とのご返答をいただきました。（2024年5月現在）

代替案としては、「切り抜きしたい形を画像素材として用意」「場合によってはエフェクトのクロップ機能でも対応可能」とのことでした。

改善希望をご連絡していただけるとのことだったので、そのうち改善していただけるかもしれません。

おはようございます、央16E5さん

＞用意したマスク素材とは違う範囲が切り抜かれてしまいました。

原因は、DV-NTSC ワイドスクリーン48kHzのピクセル縦横比が「1.2121」のためだと思います。

マスク素材の「スケール」パラメーターを121.1％で解決とのことですが、厳密には、サイズはOKでも位置がずれていると思います（プログラムモニター中心から離れるに従ってずれ量が大きくなります）。「位置」パラメーターで修正が必要になると思います。

＞DV-NTSC 標準48kHz、HDV 1080p30で同じことをしたところ、ずれは発生しませんでした。

前者は、ピクセル縦横比が「0.9091」ですから、気が付かなかッとと思いますが、若干ずれが出ていると思います。

後者は、フレームサイズ1920×1080の場合は、ピクセル縦横比「1.0」ですからずれはでません。但しフレームサイズ1440×1080の場合は、ピクセル縦横比「1.3333」ですからずれはでます。

【参考】

央16E5さんが使用しているPremiere Proのバージョンが不明ですが、Premiere Pro CC2014以降なら、マスク機能が搭載され（下記リンク）、「トラックマットキー」エフェクトに変わって簡単に切り抜くことができます。また、トラッキングも簡単にできます。今回の場合は「エフェクトコントロール」パネルの「不透明度」のマスクを使用します（下図）。

Premiere Pro のマスクとトラッキング (adobe.com)