トランスコードが異常に遅い

Mac OS X 10.9.5でEncore CS6 6.0.1.013を使用しています。

Encoreプロジェクトに色々追加しているうちに（途中でフリーズしてバックアップからの復帰ありました）

トランスコードの速度が小さい10秒くらいの動画でも異常なくらい遅くなりました。

１日待っても完了しないほどです。

因みにAdobe Dinamic linkを使用しています。

新規プロジェクトを作成してDynamicLinkでシーケンスを読み込んだ後、

シーケンスを右クリックして新規ータイムラインから

タイムライン新規作成後シーケンスを追加しています。

これでシーケンスを右クリック「今すぐトランスコード」を使って

進行状況タブのトランスコードを見ると

新規プロジェクトでは直ぐに終わるんですが

色々追加したプロジェクトだと尋常でなく遅いです。

メニュー等多数作っている関係上時間もなく新しくプロジェクトを作って

やり直すのは困難です。

恐らくプロジェクトに何らかの異常があると見ていますが

破損したプロジェクトのトラブルシューティング（Macintosh 版 Encore CS4/CS5）

こちらのトランスコード済みのファイルを削除を行ったりメディアキャッシュファイルの再作成をしましたが

解決には至りませんでした。

＜以下引用＞

「Sources」フォルダー

－　「ST_Hpgc_Vtrk_ses」などのフォルダー名の末尾に「_ses」の付くフォルダーをすべて削除します。

－　「Transcodes」フォルダーに含まれているすべてのファイルおよびフォルダーを削除します。

「Cache」フォルダー

－　「mlf.cache.v10」ファイルを削除します。

特定のプロジェクトのみの問題なので環境設定ファイルの削除などは行っていません。

DynamicLinkを使用せずPremireのMediaEncoderで出力してそれをEncoreで読み込むしかないのでしょうか？

そもそも新規プロジェクトにリンク等保ってメニュー項目やタイムライン、タイトル（キャプション）を移植することはできないのでしょうか？

同様の症状に遭った方いましたらよろしくお願いします。