ノイズ除去

私自身はPremiere Pro上では映像も音声もノイズ除去を使わないのですが、たとえば音声のクロマノイズ除去をクリップごとに使うとタイムライン再生時と書き出し時で結果が違うといったご投稿が以前ありました。

ノイズプリントを作成しないタイプの自動ノイズ除去は、音声を解析しながらの処理になるので音の変わり目やカットの変わり目の挙動が不安定になりがちです。そういった特徴を踏まえて、実際にお試しいただいて結果の良い順で作業していただくのが良いのではないかと思います。

ちなみに私の場合は、編集内容によりますが別録素材でしたらあらかじめAuditionにてある程度整音してから編集にもちこんだり、カット編集が終わった段階でシーケンスからAuditionに送ってノイズプリントを作成してノイズ除去を行う流れが多いです（ノイズ除去は他社製のプラグインを使用しているので、純正プラグインの特徴はあまりよくわかりません……）。

場合によっては、シーケンスのラストの方にノイズだけのクリップ（会話の合間など）をノイズプリント用に貼っておいたりもしています。

動画のノイズ除去と思い込んで回答しましたが、Ckunさんの仰られている音声のノイズ除去だと私の回答とは原因が異なってきます。