ビンの中を最新の状態にしたい

>作業を進めるにつれ、双方に違いが出てきてしまうのですが、これでいいんだろうか……と思いながら

いつも作業しています。

編集作業に支障がなければ、何も問題は無いように思います。

>更新して双方を同じ中身で最新の状態へする。とかそういった方法はありますでしょうか。

Premiere Proのビンに対してパソコン上の色々な場所から素材を読み込んだのち、「同期」のような機能でそれらの素材をローカルのフォルダに集約なさりたいという意味合いかと思いますが、現状ではそういった機能は無いと思います。私は詳しくないのですが、もしかすると、そういったスクリプトは何かあるかもしれません……。

やや近いものとしてはプロジェクトマネージャーがありますが、今回ご希望の機能とは差がありますね。

現状でどのようなワークフローで編集なさっているかにもよりますが、必ずメディアマネージャーからインジェストするという運用の仕方も、検討の価値はあると思います。