プリセット、キーボードショートカット、お気に入りのフォントの復旧方法が知りたい

「エフェクトプリセット」に関して
Windowsには詳しくないのですが、おそらくエフェクトプリセットデータの格納場所に関してはお示しの場所であっているものと思われます。
ただ、現状「ファイルが存在するのに、PremierePro上は、エフェクトプリセットが表示されない」のは、おそらく、プリセットを失って以降、Prを立ち上げた段階で、「プリセットがないデータ」が自動生成され、そこに配置されたものと推測されます。よって、データそのものがあっても「新たに生成されたデータなので、表示されない」可能性が高いのではと。

「スタイルプリセット」に関して
スタイルのプリセット保存先はMacの場合は以下です。
ローカルスタイルの保存先
書類/Adobe/Common/Assets/Text Styles
Windowsでも類似した場所にあるのではと思います。（あくまでローカル保存している場合はですが）
それもなくなっているとすると、何がしかの原因でそれらのデータがなくなった際、そこのデータも消失したことになります。

おっしゃるようにOne Driveがらみで、今までのデータを失ったことが推察されますが・・・、それが原因であれば、僕自身はそれらを取り戻す術が思い浮かびません。もし、以前のデータを取り戻されたのでしたら、それを、格納先にある今のデータと入れ替えてみる、ぐらいかと（すでにお試しかもしれませんが）

今回の解決策にはなりませんが、それらの設定ファイルは、別の場所にもバックアップをとっておくことをおすすめします。

「Adobeフォントで追加したフォント以外は初期設定」というのがちょっと不思議ですね。

そうだとすると、Adobe関係なく、システムにインストールした別のFontが使えなくなっている、ということですよね。そうなると、Windowsまわり、OSまわりを疑った方が良いかもしれません。

もろもろ、お力になれず、申し訳ありません。