プレミアプロからアフターエフェクトコンポジションに置き換えることができません

ボタンがグレーアウトしている場合に多い現象としては

・AeとPrのVerが合っていない

・どちらか、または双方の連携システムがうまく認識しなくなっている

がほとんどかと思います。

Ckunさんと重なる内容となりますが、

>>ネットで調べて解決策を探しましたがダメでした

Adobeヘルプの「おかしいなと思ったら」をすでに実施かと思います。

その上で問題が改善しないとなるとOSへのトラブルの疑いが発生してしまいます。

実際に試された事とこちらが認識していることが異なってしまうと、

灯台下暗し的に実施する内容が抜け落ちてしまう事も多いので、

まずは試された内容や環境等を記載されるのをおすすめします。

また、気になっておられるファイルの状態ですが、

ソフトとプロジェクトファイルはライセンス含めて別挙動となるので

ソフトを削除してもライセンスを解約しても、別のライセンスで使用してもプロジェクトへは影響がないので安心頂いて大丈夫ですー。

似たような事例ですとバージョンが異なっていることが原因であったり、一旦Adobe製品を完全にアンインストールして再インストールすることで直っているということはしばしば見かけます。

いろいろ悩むよりはインストールしなおす方が早いかもしれません。

>ネットで調べて解決策を探しましたがダメでした

>バージョンの互換性は関係なく、

とのことですので、Adobe公式の情報の「おかしいなと思ったら」などの情報やバージョンの確認（最新だと15.4.1ですね）などはすでに実施済みかとは思うのですが、お使いのOSの・Premiere Pro・Media Encoderのバージョンやすでに試したことなどをお書き添えいただきますと、無駄なくスムーズに的確な返信が付きやすくなると思います。

また、文脈から今までAeの置き換えを問題なく使用なさっていたと想像するので手順の間違いといった類の問題ではないと思うのですが、もし今回初めて行われている場合には手順が正しいか否かという部分も視野に入れた方が良いかもしれませんので、初めて行おうとなさっている状況でうまくゆかない場合には、どのような手順でなさっているのかもお書き添えいただくと、解決につながる情報が得られやすくなると思います。