プロジェクトに取り込んだ音源ファイルの音が途中で途切れているということがありました。 再発防止方法を知りたいです。

まず、

>編集上、処理を軽くする観点から、BGMはmp3形式を使うことを心がけていますが、

こちらについては、MP3を使うことで処理が軽くなるということはないと思います。と申しますのも、MP3は圧縮されている音声なので、内部的に圧縮状態から非圧縮に変換（展開）する処理が発生し、Premiere の場合は「メディアキャッシュファイル」として展開済みのファイルが保存されます。

ファイルサイズが小さなMP3音声を扱っていても、実は「Media Cache Files」フォルダに保存されている非圧縮の.cfaファイルの方を参照していることになりますので、少し大げさに申しますと、MP3を使うことは「百害あって一利なし」ともいえると思います。

これまでにも「MP3」のトラブルは度々このフォーラムにも寄せられているのですが（キャッシュの生成が不完全と考えられる問題）、キャッシュの削除・再作成で解決することもありますものの、非圧縮のWAVファイルを用いた場合には問題が起きることはほとんどないと思いますので、

>又、予防策としてはWAVファイルを使用するのが確実でしょうか？

とおっしゃる通りではないかなと思います。

なお、

>4 音源のファイル名を変更した上で、フッテージを置き換え機能を使ってファイル名を変更した音源ファイルと置き換えると、正常な音になります。

この挙動は、ファイル名を変更したことで新たなファイルとして認識され、キャッシュファイルが再作成されたことで解決したのではないかなと思います。

誤　4 音源のファイル名を変更した上で、フッテージを置き換え機能を使って同じ音源ファイルと置き換えると、正常なファイルになります。

正　4 音源のファイル名を変更した上で、フッテージを置き換え機能を使ってファイル名を変更した音源ファイルと置き換えると、正常な音になります。