「昨日」の作業中に開いていた(メモリ上に展開していた)プロジェクトファイルがなんらかの理由で破損し、オートセーブも手作業の保存も全てその"壊れた状態"で保存されていたのだと思います。「昨日」の作業中に特に問題はなかったとしても、それは"壊れた部分"が通常の操作には影響しない部分だったのだと思います。
ハード障害に起因することも考えられると思いますが、ハードに問題はなくても、極めて極めて稀ですが、どのソフトでも起こりうる現象だと思います。私も数年前にFCPで1度だけ経験しています。ユーザー側では防ぎようのない、不幸な出来事として諦めるしかないのかなとも思います。
一昔前は長時間パソコンを使用していると動作が重くなるので、問題がなくても数時間おきに休憩を兼ねて再起動していました。そういう運用にしますと、仮に今回のようなトラブルが起きても損失は数時間分の作業で済みます。
Premiereのプログラム上のバグである可能性もゼロではありませんので、開発チームへのフィードバック(壊れたプロジェクトファイルの提供)が必要ではないかと思います。特定の条件下でのみ稀に発生するのだとしても、バグであればdamachinさんがおっしゃる通り怖くて使えないので、こちらをご覧になられているAdobeのスタッフさんには積極的な対応を望みます。
この場を借りてAdobeさんへの要望ですが、破損したプロジェクトファイルでも出来る限り読み込めるような、障害耐性を強めた設計が望ましいと考えます。オートセーブ中にプロジェクトファイルの整合性を確認する仕様にするのも一案かと思います。