プロジェクトファイルの設定が消えた

もう少し詳しく状況をお書き添えいただけますと、的確な返信が付きやすくなると思います。

推測なので的外れの可能性も十分あると思うのですが、一例として、以前のプロジェクトファイルを新しいバージョン(v.22)で開いて新規にシーケンスを作成したところに以前作成していた文字などを入れたら色が変わった、ということですと、シーケンスの作業カラースペースが異なるから、といったこともあり得るかと思います。