プロジェクトマネージャー　リンク切れ

原因を探るためには、もう少し詳しい情報が必要になるのではないかなと思います。

>一部のメディアがリンク切れを起こしている

とのことですが、そのメディアのファイルがGoogleドライブにコピーしたフォルダ内に入っているか否か、もし入っていたとした場合にはメディアの再リンクでリンクをかけることができるか否か、といったあたりがポイントになってくるかと思います。

あくまでも可能性の一つですが、お手元でプロジェクトマネージャーで収集後にGoogleドライブにコピーする過程でコピー漏れ（ファイル名の問題などの可能性も含めて）があるかもしれませんので、お手元に納品物の控えがありましたら、Googleドライブ内のファイルと内容が一致するか確認した方がよいかもしれません。

>一点、原因として思い当たることがあるのですが、本件の動画を納品後、本件でも使っている自作のプロジェクトテンプレートのオーディオ素材の調整や削除を行いました。先方がプロマネを開いたのがテンプレート調整後だとしたら、リンク切れを起こす可能性はありますでしょうか…？

プロジェクトマネージャーで収集したフォルダ内から該当のファイルを意図的に削除していなければ、問題ないはずです。と申しますのも、プロジェクトマネージャーで使用しているすべての素材がコピーされて収集したフォルダ内に入っているはずだからです。

とはいえ、あらゆる可能性を視野に入れて検証した方がよいと思いますので、先方がおっしゃっている「一部のファイル」が具体的にどのファイルなのかといったことも、ヒアリングした方がよいと思います。