マーカーパネルでマーカーのリストが消える

「再生ヘッド位置を自動選択」を選ばれていますと、お書きいただいたような現象が発生します。

具体的には、シーケンスに打たれたマーカーを「選択」すると再生ヘッドがその位置に移動し、「自動的にその位置のクリップが選択」されるため、クリップマーカーの表示に切り替わってしまうという動作が一連で行われます。

もそこの症状でしたら、「再生ヘッド位置を自動選択」を解除していただいたり、「再生ヘッド位置を自動選択」を設定したまま作業なさりたい場合にはマーカーを選択後に別のマーカーを選びたくなった場合には、シーケンスのどこかをクリックするなどしてクリップの選択を解除していただく（マーカーパネルの表示は再びシーケンスのマーカーの表示に切り替わります）といった方法もあるかと思います。