ワープスタビライザーがギザギザになる。

おっしゃる通り、ワープスタビライザー内のリサイズや位置調整などの処理がインターレースを無視してしまうので、使い物にならないレベルの映像になってしまいますね。

（今念のため、v. 25.6.4で改めて検証しました。環境の都合でv26.0は未検証です。）

私が回避法として使用しているのは、一旦59.94fps プログレッシブのシーケンスに29.97fps インターレース(59.94i)の素材をのせて、そのシーケンス上でワープスタビライザーをかける方法でした。

そうしますと、2倍fps化でデインターレース（動き適応ではなく単純な補完）されたのちにワープスタビライザーが動作するので、正常な映像になります。

このシーケンスを、本編集のシーケンス（29.97fps 奇数優先の59.94i）にネストでのせますと、インターレース縞が出ることなくワープスタビライザーが効きます。

それなりに面倒な作業なのですが、私が知る限りではこれが精いっぱいといったところでございます……。