動画の書き出しについて

例えばなんですがシーケンスの表示上のみの問題でしたら、編集したシーケンスを別の異なるシーケンスへネスト(入れ子)することで、素材を一本化したように見せることはできます。

(Prの編集上の工程なので書き出し等劣化要因となる作業は発生しない)

すでにご存知でしたらアレなんですが、シーケンスはいくつも作成でき、それを合体するように別のシーケンスに素材と同じように配置することが可能です。

https://helpx.adobe.com/jp/premiere-pro/how-to/premiere-pro-nesting-sequence-cc.html

>ここで動画を一度書き出して統合すればいいやと思ったのですが、一度書き出しをするとオーディオや動画の画質などは劣化してしまうのでしょうか？

「非可逆圧縮」コーデックを使う限り、多くの場合劣化が生じます。

例えば、お書きいただいた「Match Source-Adaptive High Bitrate」を用いて、何度も書き出し＆読み込みを繰り返すと、どんどん劣化してゆきます。

例外は、可逆圧縮もしくは非圧縮のコーデックを用いる場合と、ProResなどスマートレンダリング可能なコーデックを用いて、再読み込み後はエフェクト等を加えない場合、ということになります。

スマートレンダリング (https://helpx.adobe.com/) 

一方で、ProResなどの中間コーデックとして用いられるコーデックは、スマートレンダリングではなく加工を加えて再圧縮しても劣化が少ないので、書き出し＆読み込み＆書き出し……を繰り返さざるを得ないケースに適したコーデックと言えます。

Auditionで編集する場合はカット編集された状態の方が良い気もいたしますが、やむを得ず一本化して書き出しが必要な場合は、音声だけひとつのWAV（非圧縮の音声形式）で書き出してAuditionで加工してWAVで書き出してPremiere Proに戻す、といった方法で、映像の劣化を防ぐことはできるかと思います。

この辺りの手法は、ワークフローによって大きく変わってきますので、実際にはおやりになりたいことと前後のワークフローに合わせて、適切な方法を選ぶことになるかと思います。