各マイクの音声ファイルが合算された問題について

同じファイル名の素材を扱うことは編集作業ではご法度なので、残念ながら私はそういったトラブルからの復旧は経験がありません。

（AVCHDやデフォルト設定のままのXDCAMなど仕様上止むを得ず名前が重複する場合は、慎重にフォルダ構造を維持して扱うか固有の名前でトランスコードして使います。）

>また不勉強で恐縮ですが、ミックスの編集を実施し任意のトラックをミックスする編集もあるのでしょうか。

ご質問の意図を完全に理解できていないかもしれませんが、Premiere Proに自動的に複数のトラックをミックスさせて一本の音声トラックにまとめるような操作は思いつきません。

キャッシュの削除は、Premiere Proのプロジェクトを閉じた状態ですべて削除していただき、.cfaファイルなど残っていれば手動で削除（消してよいか心配な場合は、別のフォルダに移動）していただき、シーケンス上のクリップとそれにリンクされている実態のファイルをひとつずつ確認しながら原因を探るしかないのではないかと思います。

もし、移動前の素材も残っているようでしたら、そちらを用いてやり直した方が早いかもしれません。