同じファイルが複数出来る

>メジャーアップデートしたら保存したら同じファイルができるようになったのですがこれは何故でしょうか？

添付画像を拝見しますと、プロジェクト名の末尾に「_1」が付加されたファイルのことを「同じファイル」とおっしゃっているのではないかと思うのですが、これは旧バージョンのプロジェクトを開いた際に元のファイルを上書きしないように新たに保存されたものではないかと思います。

（旧バージョンのプロジェクトを開いた際に、確認のウィンドウが出ていたかと思います。）

>あと自動保存の設定はしてませんが画像のようにAuto-Saveと Audio Previewsなるファイルがあるのですが、これもできないようにする方法ないですか？

画像を拝見しますと、Auto-SaveのフォルダアイコンにPremiere Proのプロジェクトファイルのアイコンが表示されているので、設定なさっていないとのことですが」オートセーブファイルが保存されているように思います。個人的にはオートセーブはしておいた方が何かと安心ではないかと思います。

Previewsフォルダはタイムラインのレンダリングなどで作成されるファイルの保存場所なので、特別な事情が無ければそのままプロジェクトファイルと同じ場所に保存する設定の方がわかりやすいのではないかと思います（プロジェクト設定で保存場所を変えることはできると思います。）。