同じファイル名の音声素材があるのですが、フォルダ分け（ No.1、 No.2）しているのにプロジェクトファイルを開くとNo 1の素材位置に No.2の素材が置き換わってしまっている現象を解決したい。

私の知る限りでは、フォルダが異なれば同名のファイルがあってもそれぞれ別のものとして扱われているはずではあるのですが、何らかの理由（プロジェクトファイルと素材との位置関係など）で誤リンクされることは十分にあり得ることなので、基本的にはPremiere Proに読み込む前にリネームするなどして同一のファイル名が存在しないようにすることが重要だと考えています。

（ただし、AVCHD素材は例外です。他者との共同作業の場合も、勝手にリネームするとトラブルになるケースがあります。）

もしくは、異なる作品間で同一のファイル名が発生するやむを得ない事情がある場合には、作品ごとに別の外付けドライブを用意して、編集のたびにつなぎ変えるといった方法も有効かと思います。

収録機器の設定で収録日時がファイル名に入るようにしていただいたり、リネームソフト（あるいはOSの機能で）一括リネーム（ファイル名の先頭に作品名の頭文字とNo01など話数を入れるなど）するといった方法ですと、容易に管理できるのではないかなと思います。