尺42分の動画を100MB以下にする方法とは？

なるほど、そのような制約があるのですね。

そういったケースでは、Web側の担当者さんと間の営業さんが「映像に詳しくない」こともあって話が進みにくいということは、私も経験上理解しております……。

そのうえでですが、

>現状、720×480pxでビットレートを最小限にして書き出し、それを、動画変換アプリで圧縮したものを生成した結果、100.7MBの動画を作ることができました。

お書きいただいた内容からは、いくつか問題が浮かび上がります。詳細は納品先に問い合わせていただくということは言うまでもないのですが、「フルHDで製作した16:9」の素材を小さなフレームサイズにする場合、非正方形ピクセルの720×480ですと、WEB側の仕様によっては横方向に潰れて表示される可能性があります。

一例としては、使用しているテロップなどの文字サイズにもよるのですが、640×360や960×540といった、16:9の比率の方が望ましいことが多いのではないかと思います。

（あくまでもシステム側の仕様によりますので、そうではないこともあり得ます。）

もうひとつ、

>720×480pxでビットレートを最小限にして書き出し、それを、動画変換アプリで圧縮したもの

この部分ですが、他のアプリで圧縮する前にPremiere Proで最小限のビットレートで書き出しますと、二重に劣化することになりますので、別のアプリで圧縮（エンコード）する場合は、Premiere Proからは奇麗な画質（フレームサイズは最終的に用いるサイズで、ビットレートを高めに）で書き出した方が良いです。

画質については最終的にはクライアントさんの判断だと思いますのでなんとも申し上げにくいですが、もし私が同じ立場でしたら、できるだけ詳しくシステムの仕様を聞き出し、視聴者がどのような画面サイズで視聴するのかということも含めて、フレームレートを落としてフレームサイズを大きめにするですとか、細かい調整が効くエンコードソフトで2passで精度を上げるといったことを試してみます。