時々、特定のショートカットキーが効かなくなる

Premiere Pro自体のトラブルであれば描きを実施すると改善することが多いです。
■おかしいなと思ったら（Mac OS 版 Premiere Pro CC）
下記ヘルプの「B. 環境設定フォルダーの再作成」が該当します。
https://helpx.adobe.com/jp/premiere-pro/kb/cq022502421.html

それ以外で考えられることとすると
・無線式のキーボードの場合、接続トラブルが起こっていないか
・チャタリングが起こっている
・ショートカットを押す際に半角入力になっているか
が多いのかなぁと感じますが、一概にいえないのであとは個別環境下での問題の切り分け作業になるかと思います。

例えば症状は
・特定Verのみ発生なのか
・現象は突然起こり始めたのか
・セキュリティソフトやDropboxなど常駐ソフトを停止してみるとどうか
などなど