書き出しをすると音声のL,RがMIXされたL,Rになってしまう

添付して頂いた画像を拝見しますと、シーケンスの音声は「マルチチャンネル」で「4チャンネル」をお使いのようですね。

また、A1, A2とA3, A4が、それぞれ1-2chと3-4chにアサインされているので、おそらく意図的に正しく設定されている状況かと思います。そうなりますと、業務・放送系の用途でお使いの可能性もあるのかなと思うわけですが、「書き出し設定」でどのような設定になっているかがポイントになってくるかと思います。

差し支えございませんでしたら、書き出し設定の中のオーディオに関係する設定の部分のスクリーンショットを貼っていただけますと、状況を把握しやすくなるかと思います。