書き出し時に動画が消える(mp4のみ)

GPUレンダラーの問題かと思うのですが、mov書き出しでは問題がないというのも少々不思議なので（レンダリングとエンコードを同時に行うときに限って発生するエラーといったことは考えられると思います）、お使いの環境についてもう少し詳しくお書きいただくと、適切な返信が付きやすくなると思います。

【質問テンプレート】コピペして使ってください☺︎ 

今回のような場合は、上記テンプレートの内容に加えてパソコンのハードウェアの構成（CPUと搭載していればGPUの型番など）や、症状が出る素材の詳細（コーデック、フレームレート・サイズ、何で収録したものかなど）、逆に症状が出ない素材があればその仕様なども有益な情報になります。

そういったことがわかりますと、例えばNVIDIAのGPUをお使いでしたら最新のStudioドライバーを入れてみるなどの対応策が出てくると思います。