書き出し時の「fps」って一致させるのが普通でしょうか？？

フレームレートの違い自体が音ズレの原因に直結するというものではないのですが、その原因次第では別の要因（可変フレームレートや記録時のコマ落ちなどなど）で音ズレしている可能性はあると思います。

それとは別の問題として、シーケンスのフレームレートが一般的な値ではないことはあまり好ましくないように思います。基本的には、一般的なフレームレートでシーケンスを作成して、そのフレームレートで書き出すのが無難と言えます。

（ただし、例えば映画やMVなど23.976fpsで作成して、放送用の29.97fpsインターレースで書き出すといった手法もありますので、書き出しのフレームレートをシーケンスの値と合わせないことイコール誤り、ということではありません。）

私も含めて、Premiere Proで新規シーケンスを作成する際には「クリップに最適な新規シーケンス」をお使いいただくことをお勧めすることが多いのですが、必ずしもそれが最適とは限りません。

素材が可変フレームレート(VFR)であるなどの理由でフレームレートが一般的な値（24, 30, 60などの整数値のものと、それを1/1.001にしたもの）ではない値の場合には、それに近い一般的なフレームレート（プリセットにあるもの）をお使いいただく方が無難かと思います。

そして素材がVFRで音ズレがあるといった場合には、HandBrakeなどのファイル変換ソフトでVFRからCFRに変換するといった作業をとった方が良いこともあります。