お早うございます、せしぼんさん
>いつの間にか波形が消えて音が消えてしまいました。
>昨日まであった音が消えていました。
オーディオトラックのオーディオクリップが消えている、またはオーディオクリップは有っても波形が表示されていないのどちらでしょうか。

>プログラムの中にはデータとして残っていますが
「プログラム」とは「プロジェクト」パネルですか。
そして、「プロジェクト」パネルには、そのムービーアセットまたはオーディオアセットが残っているということですか、
>音がなくなったファイルを消そうとしたら、・・・シーケンスに影響するとアラートが出ます。
「プロジェクト」パネルのムービーアセットまたはオーディオアセットを削除しようとしたところ、アラートが出たということですね。
それは、ビデオ&オーディオトラックにそのムービークリップまたはオーディオクリップが残っているからです。
ビデオトラックまたはオーディオトラックのムービークリップまたはオーディオクリップを先に削除してから、「プロジェクト」パネルのムービーアセットまたはオーディオアセットを削除すればそのアラートはでなくなります。
>何が原因なのでしょうか?
音が消えていた原因は、ご提示の情報からでは分かりませんが、Premiere Proにトラブルが生じたか、またはご自分で気づかずに何らかの操作をしたのかも知れません。
>そのファイルはもう使えないのでしょうか?
>これまで編集したものも、やり直しが必要でしょうか?
「プロジェクト」パネルのムービーアセットまたはオーディオアセットをムービートラックまたはオーディオトラックにドラッグ&ドロップして配置したクリップを再生し音声が出れば、そのまま使用出来ると思います。
編集のやり直しも必要ないと思います。
音の出ないクリップは削除してください。
もう一つの方法として、自動保存ファイルを使用する方法があります。
プロジェクトファイルが保存されているフォルダーに「Adobe Premiere Pro Auto-Save」フォルダーがあり、そこに自動保存ファイルが5個くらい保存されています。日付時刻の新しいものから読み込んでみます。音声が入っているファイルがあったら、そのファイルの付加された数値の部分を削除し(元のファイルと同じ名前にして)保存します。これで直近の情報は消えているかも知れませんが、最小限の被害で復元することができます。