4K動画をPremire Proで編集するとき

>YouTubeにアップする目的の動画なのですが、それに関係なくフレームサイズは3840×2160で設定ということでしょうか

最初のご質問にて、

>YouTube使用目的の、4Kの動画素材

と

>編集後はプロキシ使用をoffにして、書き出しのときプリセット高品質2160 4Kを選択

とお書きいただいていましたので、素材も書き出しも4K（3840×2160）という状況かと思いました。編集時に1920×1080など書き出し設定よりも小さなフレームサイズにしても、書き出しで4Kの設定を用いると一応元素材の解像度が維持されるようなのですが（全ての状況で問題が無いか否かは、私自身は検証しておりません……）、「メディアのスケーリング」の設定によって一部のエフェクトのかかり具合が変わったりしますので、基本的には完成作品のフレームサイズに合わせておく方が安全だと考えた次第です。

YouTubeだから1920×1080で編集しなくてはならない、ということは無いと思います。

>プロキシ作成の段階で設定が必要ですよね？

Premiere Proのプロキシ編集では、プロキシは素材に紐づきます。シーケンスの設定はプロキシ生成には影響しませんので、そのようなご心配は不要ではないかと思います。

>編集をすすめてしまってからフレームサイズ変更はできないでしょうか

変更することは可能ですが、メディアのスケーリング（拡大や縮小）によってはレイアウトが崩れたりしますので、特別な意図がない限りは初めから「完成作品のフレームサイズ」で作業していただいた方がトラブルは少ないと思います。

すでに編集を進めていらっしゃるようでしたら、フレームサイズを変更することによる問題の方が大きいかもしれませんので、そのまま進めていただいた方が安全かもしれません。