5.1chの音をステレオで書き出したい

MOVでの書き出しの場合、お書きいただいた

>↓この部分の設定が間違っていますでしょうか？

>（ストリーミング：1　出力チャンネル：ステレオ　ソースチャンネル：1-2）

この設定ですと、5.1chのうちフロントLとフロントRがそれぞれLとRに書き出しされますので、おっしゃる通り一部のチャンネル（センターとサラウンド）は書き出されないかと思います。

それに対し、AIFFやWAV、MP4などでステレオ書き出しすると、LFE以外がダウンミックスされるようです。そのときのダウンミックス係数までは調べておりませんが、聴感上問題が無ければそれはそれでよいのではないかなと思います。

私個人的には、上記の挙動を含めて書き出し形式・設定に注意が必要にはなるのですが、「チャンネルミキサー」エフェクトをお使いいただくと、ダウンミックス係数を確認できて、必要に応じて調整もできるので、便利なのではないかなと思います。