60fpsのフレーム補完について

画像の無いフレームの前後のフレームを合成する方法はどうでしょう。

クリップをコピーして前後１フレームだけを切り出します。
画像の無いフレームの上に重ねて配置し、上段にある画像の不透明度を50%程度に下げて合成します。
下図のように二重にブレた画像になりますが、動画を再生すれば目立たないと思います。

（画像は、After Effectsで作成しています）

私自身はそのようなイレギュラーなファイルでの検証をしていないので正確な挙動は分かりませんが、フレーム補完は異なるフレームレートの素材や速度を変えたときに効くものなので、おそらくお書きいただいている状況では補完されないのではないかと思います（VFRでは挙動が異なるかもしれません）。

実際にお試しいただくといかがでしょうか。

他社製のツールを使用せずPremiere Proの標準の機能だけで対応する場合には、フレーム落ちが、あるべきフレームが飛んでいる（画音の同期が外れる）のか、一瞬フリーズする（フレームがリピートして画音の同期を維持している）のかによりますが、前者であれば50%スローで補完させたフレームを挿入することで回避できる可能性はあると思います。後者の場合も、重複フレームを削除して書き出して…という流れで同様の手段をとることはできると思います。