AEで動画を編集後、反映されない

お早うございます、優斗5C9Eさん

Premiere ProとAfter Effectsは、同一時期の最新バージョンになっていますか。

例えば、Premiere Pro v15.xならAfter Effects v18.x 等。もし、After Effectsがv17.xの場合はv18.xにアップデートしてみてください。

After Effects側でプロジェクトを「上書き保存」すると、自動的にPremiere Proのリンクコンポのクリップ（[元のクリップ名] リンクコンポ XX(数字)/[AfterEffectsプロジェクト名].aepという名前かと思います）に反映されるしくみなので、そのほかに必要な手順は無いと思います。

原因の切り分けのため、一旦After EffectsとPremiere Proのプロジェクトを保存した上で両アプリケーションともに終了し、改めてPremiere Proのプロジェクトを開いていただくといかがでしょうか。

もし、After Effectsでの修正が反映されていない場合は、Premiere Proのシーケンス上の該当するリンクコンポクリップを右クリックして「オリジナルを編集」を選択していただき、立ち上がったAfter Effectsプロジェクトが修正済みのプロジェクトになっているか否かご確認いただくと良いと思います。

正しく修正済みのプロジェクトが開かれていましたら、ソフト側で何らかの不具合が発生している可能性が考えられると思います。修正済みではないプロジェクトが開かれていた場合には、誤って別名保存していたということなどが考えられるかと思います。