Aeに置換えができない

ひとつのケースとしては、After Effectsコンポジションに置き換えを実行したのち、After Effectsが起動してAeプロジェクトの保存画面が出た際に「キャンセル」を押下するなどして、置き換えができなかった場合にこのエラーが出ます。

原因を切り分けるため、After Effects側の状況（既に起動している状況なのか、その場合には何かプロジェクトが開かれているか否か、起動していない場合は置き換え実行後正しく起動してプロジェクト作成画面が出るか否か、などなど）をご確認いただくといかがでしょうか。